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Wie hostest du den Server?
hast du zugriff auf die Server batch?
Ich hatte bisher noch nie meine Datenbanken nach einer Zeit "kaputt", evtl hast du eher Probleme mit deiner Server.pbo oder Mission.
MYDIR="" # pfad für mysql-dumps
DUMP=`which mysqldump`
DATE=`date "+%Y.%m.%d"`
DATEDB=`date "+%H:%M:%S"`
USER="" # db-user
PASS="" # db-passwd
HOST="" #mysql-server
DB="" # die zu sichernde db
exec 2>&1
exec 1>$0.lastlog
echo -n "Anfang @ "
date
cd $MYDIR
#rm -rf `find ./ -ctime +30 -type d` # lösche db-dumps älter als 30 tage
[ -z $DUMP ] && exit 111
[ -d $DATE ] || mkdir -p $DATE
[ -d current ] || mkdir -p current
echo " Mysql Database-Backup von $DB ..."
$DUMP -u$USER -p$PASS -h$HOST -v \
-c -e --create-options \
--databases $DB 2> $DATE/$DB-$DATEDB.err | bzip2 -9f > $DATE/$DB-$DATEDB.sql.bz2
bzip2 -9f $DATE/$DB-$DATEDB.err
echo -n "Ende @ "
dateder db-user _muß_ die db "locken" können 
das shellscript per cronjob alle x-mal am tag ausführen
als kleine nebenfrage ;habt ihr auch hin und wieder "kaputte datenbanken" ohne wirklichen grund?
Was heisst bei dir "die Datenbank ist kaputt"?
Falsche Daten?
Datenbank lässt sich gar nicht mehr öffnen?
...?