Hi M4rcjo und willkommen bei GDZ 
Da legst du ja sofort gleich richtig mit dem breiten Feld der Mods los. Respekt!
Ich fange nach Jahren des Spielens langsam an, mich etwas mehr mit diesem Bereich zu beschäftigen, aber stehe noch am Anfang, da mir einfach die Zeit und die Ausdauer fehlen. Gibt auch so genug zu tun 
Daher kann ich keine abschließende Antwort geben, aber ich spreche einfach mal aus meinen bisherigen Erfahrungen und Beobachtungen. Erfahrene Modder dürfen da gerne ergänzen, wenn ich was Falsches sage. Ich lerne gerne dazu 
Zur 1. Frage:
- In Vanilla ist es so, dass es keinen Unterschied macht, ob das Fass offen oder geschlossen ist.
- Allerdings wird beim offenen Fass der Inhalt durch den Regen nass, falls das erheblich ist.

Ich gebe aber zu Bedenken, dass ich jetzt nicht genau weiß, wie der Hyper Train mit einem geöffneten Fass auf der Fläche umgeht, da ja offene Fässer in der Regel nicht transportiert werden können.
Ich vermute mal, dass es sich mit Schränken und Kisten ähnlich verhält, aber da ich nicht weiß, aus welcher Mod sie stammen, bin ich da vorsichtig.
Eventuell schaust du mal, ob es zu den Mods für die Schränke da schon Meldungen gab. Meist gibt es ja irgendwo eine Austauschplattform und man kann mit den Entwicklern in Kontakt treten und wenn es nur der Steam Workshop ist.
Zu Frage Nr. 2:
Da Konzept vom Schaden an Items in DayZ ist etwas anders, als du vielleicht denkst.
- Nach meinem derzeitigen Verständnis sollte der Zustand des Behälters keine große Rolle spielen.
- Ausnahme: Das Fass ist runiniert. Dann despawnt es zeitnah.
Generell gilt: Deine Items nehmen durch Benutzung Schaden und im Inventar, wenn ein Zombie dich trifft. Außerdem kann natürlich auch darauf geschossen werden, was für Fässer gelten würde. Da du aber vermutlich keine Fremden Personen auf deinem Testserver hat, fällt das weg.
Dass jetzt die Livetime vom Zustand abhängt, habe ich noch nicht beobachtet, bisher waren es immer äußere Einflüsse, die eine Rolle gespielt haben und weniger die Zeit (außer bei verdorbenen Sachen, aber das ist ein anderes Thema).
Meine Frage wäre jetzt noch: Wie wurden die Teile gespawnt? Verwendest du die Community Tools? Da habe ich auch schon beobachtet, dass Autoteile, die man spawnt manchmal nach einem Restart wieder weg sind. Allerdings war das vor einigen Updates und ist nun nicht mehr vorgekommen. Aber das wäre vielleicht ein Punkt, den man prüfen könnte fernab von den Austauschplattformen der Mods.
Ich wünsche dir viel Erfolg bei der Fehlersuche und vielleicht weiß ja hier der eine oder die andere noch einen Rat 